Das Prinzip dieser Behandlungstechnik besteht in der Erzeugung eines künstlichen Magnetfeldes, das die Durchlässigkeit der Zellmembran erhöht und so den Stoffwechsel beschleunigt. Durch die Wirkung des Magnetfeldes kommt es außerdem zu einer Erweiterung der Blutgefäße, was zu einer besseren Durchblutung, Sauerstoffversorgung und auch zu einer leichten Erhöhung der Gewebetemperatur an der Behandlungsstelle um ca. 1°C führt. Darüber hinaus wirkt sich die Blutversorgung positiv auf die Zellteilung aus, wodurch Heilungsprozesse erleichtert und Schwellungen reduziert werden. Die Wirkungen der Magnetfeldtherapie sind daher zweierlei Art: lokal am Wirkungsort und allgemein, wenn die Abwehrkräfte des Körpers gestärkt und das Hormon- und Immunsystem aktiviert werden. Der positive Einfluss der Magnetfeldtherapie wird von einer Reihe medizinischer Bereiche genutzt, darunter beispielsweise Orthopädie und Chirurgie, Neurologie, Dermatologie, Rheumatologie und Zahnmedizin. In all diesen Fällen wird die Magnetotherapie jedoch mit anderen Behandlungsmethoden kombiniert und dient somit eher als unterstützendes Instrument. Der Verlauf der Magnetotherapie selbst ist weder schwierig noch unangenehm. Da man bei der Anwendung meist nichts spürt, entsteht leicht der Eindruck, die Behandlung sei sinnlos. Dies ist jedoch eine falsche Annahme. In vielen Fällen stellt sich die Wirkung der Magnetotherapie erst nach einiger Zeit ein. Tritt jedoch nach 7–10 der mindestens 15 verordneten Eingriffe keine Besserung ein, wird die Behandlung in der Regel abgebrochen.
Obwohl die Magnetfeldtherapie keine bekannten Nebenwirkungen hat, gibt es wie bei jeder Behandlungsmethode mehrere Kontraindikationen. Eine Schwangerschaft stellt eine absolute Kontraindikation für die Magnetfeldtherapie dar und Personen mit Herzschrittmachern, Erkrankungen der Schilddrüse und Nebennieren, Blutungen in den Verdauungstrakt, Tumoren oder Infektionskrankheiten dürfen sich dieser Therapie nicht unterziehen. Auch bei Menstruationsblutungen, Pilzerkrankungen und Epilepsie wird es nicht empfohlen.